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免疫共沉淀(Co-IP蛋白與蛋白)

免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經典方法。是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質-蛋白質間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在agarose，beads.上的蛋白質A的抗體免疫沉淀A蛋白,那么與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進行檢測，進而證明兩者間的相互作用。這種方法得到的目的蛋白是在細胞內與興趣蛋白天然結合的，符合體內實際情況，得到的結果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合;也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。

CHIP實驗(DNA-蛋白相互作用)

染色質免疫沉淀技術的原理是:在生理狀態(tài)下把細胞內的DNA與蛋白質交聯在一起,通過超聲或酶處理將染色質切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應，將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來。染色質免疫沉淀技術一般包括細胞固定，染色質斷裂，染色質免疫沉淀，交聯反應的逆轉，DNA 的純化，以及DNA的鑒定。因為ChIP實驗涉及的步驟多，結果的重復性較低，所以對ChIP實驗過程的每一步都應設計相應的對照，而且對結果的分析也需要有一定的經驗。對于剛剛開始使用ChIP技術的研究人員來說，使用成熟的商品化試劑盒和相關的技術服務會達到事半功倍的效果。

RIP實驗基本原理:

1.用抗體或表位標記物捕獲細胞核內或細胞質中內源性的RNA結合蛋白。

2.防止非特異性的RNA的結合。

3.免疫沉淀把RNA結合蛋白及其結合的RNA-起分離出來。

4.結合的RNA序列通過mi scroarrax(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量測序(RIP-Seq)方法來鑒定。

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